El General Manuel Bonilla nació el 7 de junio de 1847 en Juticalpa, Olancho. Él asistió a la escuela privada de Espiridión Ordoñez. Después el aprendió el oficio de carpintero, y también el violín y el clarinete. Se casó con Josefa Matute y tuvieron una hija, después se trasladó a Trujillo donde fue maestro de escuela. Mientras estuvo ahí su carrera en el ejército comenzó cuando lo reclutaron para la Fuerza Militar de la Guarnición de Trujillo. 

Entre 1883 y 1903 el general vive en diferentes países de Centro América, entrando y renunciando de varios puestos dentro del ejército. Trató de derrocar al presidente de ese momento que era general Ponciano Leiva, pero fue capturado y enviado a Juticalpa el 8 de septiembre de 1892, pero es liberado por gestiones del Sr. Ramón Rosa. Se le reestablecen los derechos como ciudadano, y vuelve a levantarse en armas contra provisional de Rosendo Agüero, pero es derrotado nuevamente y sale hacia Nicaragua.