En 1902 hay convocatoria para elecciones generales y el sale electo por voto popular, pero el Congreso Nacional, por falta de quorum no eligen al nuevo presidente. Por lo tanto el general viaja al Puerto de Amapala y presta promesa constitucional ante el alcalde Andrés Palacios. El 22 de febrero de 1903 inicia una lucha contra Juan Ángel Arias y el 12 de abril del mismo año es derrotado por las fuerzas del General Bonilla. El 3 de mayo es ratificado presidente y Miguel R. Dávila como vicepresidente. 

Durante su primer periodo como presidente, la Standard Fruit Company estaba todavía surgiendo. Fue durante su gobierno que estuvo identificado con los intereses económicos y políticos de Estados Unidos, y estas empresas transnacionales se beneficiaron enormemente.